El argumento del juego, vuelve a desarrollarse en el fantástico reino de Hyrule, donde se nos presenta a un Link que lleva sumido en un profundo sueño desde hace 100 años y que despierta en un misterioso templo sin saber cómo ni por qué ha acabado ahí. Link deberá hacer caso a una misteriosa voz que le encomienda la misión de acabar con el villano Ganon, un ser maligno que aparece desde épocas inmemoriales y que causó lo que se conoce como el cataclismo. En su camino, conocerá a personajes como a la princesa Zelda, la familia real de hyrule y a sus habitantes, mientras descubre cuál fue su pasado.
